Stereo-seq分析流程軟件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）整合了多個Stereo-seq空間組基因表達(dá)分析工具，這些工具可用于還原以及可視化測序數(shù)據(jù)在芯片上的空間表達(dá)信息。Stereo-seq原始測序數(shù)據(jù)經(jīng)SAW分析后，得到可以用于下游分析的空間表達(dá)矩陣。

主要功能：

1. 圖像預(yù)處理

基于track線對顯微鏡的小圖文件進(jìn)行拼接，同時也會進(jìn)行初步組織分割和細(xì)胞分割。

2. 數(shù)據(jù)過濾

對低質(zhì)量的序列、無法比對到CID序列、無法比對到外顯子區(qū)域序列、多比對序列以及重復(fù)序列分別進(jìn)行嚴(yán)格過濾篩選。

3. 獲取表達(dá)矩陣

經(jīng)過數(shù)控的序列最終根據(jù)比對信息，生成基因表達(dá)矩陣，同時也會生成不同bin下的表達(dá)矩陣的表達(dá)矩陣。

4. 圖像配準(zhǔn)與組織分割

分割非組織覆蓋區(qū)域的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，去除背景噪音。通過圖像配準(zhǔn)以及組織分割，最終可準(zhǔn)確保留下組織區(qū)域的表達(dá)信號。

5. 空間聚類

該模塊基于組織分割得到的表達(dá)矩陣進(jìn)行細(xì)胞無監(jiān)督聚類，展示不同的細(xì)胞類型在空間上的分布。

SAW流程圖

SAW流程生成的分析報告