中文站
時(shí)空轉(zhuǎn)錄組
Stereo-seq是國內(nèi)生命科學(xué)龍頭機(jī)構(gòu)華大自主研發(fā)的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，該技術(shù)基于DNA納米球（DNA Nano Ball, DNB）開發(fā)，是具有高通量、超高分辨率、大視場的原位全景式技術(shù)，可以實(shí)現(xiàn)同一樣本在組織、細(xì)胞、亞細(xì)胞、分子“四尺度”同時(shí)進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組分析[1]。該技術(shù)通過時(shí)空芯片捕獲組織中的mRNA,并通過空間條形碼（Coordinate ID, CID）還原回空間位置，實(shí)現(xiàn)組織原位測序，為深入地了解細(xì)胞的基因表達(dá)及形態(tài)與局部環(huán)境之間的關(guān)系建立強(qiáng)大的研究基礎(chǔ)[2]。
產(chǎn)品優(yōu)勢
厘米級全景視場，定制芯片滿足不同組織需求
Stereo-seq 標(biāo)準(zhǔn)Stereo-seq 芯片大小為1 cm × 1 cm，同時(shí)可依據(jù)組織大小定制不同尺寸的芯片。
納米級分辨率，實(shí)現(xiàn)亞細(xì)胞級分子定位
Stereo-seq 技術(shù)的檢測分辨率可達(dá)到500 nm，實(shí)現(xiàn)對單個(gè)細(xì)胞及分子信息進(jìn)行空間定位和檢測。
Stereo-seq,實(shí)現(xiàn)更高的分辨率和捕獲率
Stereo-seq技術(shù)與已報(bào)道的其他時(shí)空技術(shù)相比，在分辨率及捕獲區(qū)域等諸多方面都有重大突破。
技術(shù)流程
樣本制備
對組織樣本進(jìn)行冷凍、OCT包埋和切片，并將其鋪貼到時(shí)空芯片。每張芯片（1 cm × 1 cm）含有 4 × 10^8個(gè)帶空間坐標(biāo)的數(shù)據(jù)點(diǎn)，每個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的直徑為220 nm，兩個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的中心相距500 nm。
組織透化與文庫構(gòu)建
時(shí)空芯片上裝載具有空間坐標(biāo)信息的捕獲探針，對組織切片進(jìn)行固定和透化后，探針在芯片上原位抓取組織細(xì)胞釋放的 mRNA 分子，隨后進(jìn)行cDNA合成與擴(kuò)增。收集擴(kuò)增后的cDNA，作為模板構(gòu)建測序文庫。
測序
用華大DNBSEQ系列高通量測序儀完成測序。
數(shù)據(jù)分析及可視化
您可以使用時(shí)空云平臺（STOmicsCloud）在線上進(jìn)行數(shù)據(jù)分析及可視化。您也可使用Stereo-seq分析流程軟件包（SAW）自行進(jìn)行數(shù)據(jù)處理獲得基因的空間表達(dá)矩陣；矩陣可用于下游個(gè)性化分析。
產(chǎn)品應(yīng)用
STOmics?致力于創(chuàng)建強(qiáng)大、穩(wěn)定且易于使用的端到端時(shí)空組學(xué)產(chǎn)品解決方案，以應(yīng)對生命科學(xué)領(lǐng)域面臨的挑戰(zhàn)。STOmics? 產(chǎn)品能讓研究人員以500nm的超高分辨率對新鮮冷凍樣本的全轉(zhuǎn)錄組、蛋白組等數(shù)據(jù)進(jìn)行空間分析，進(jìn)而深入探索發(fā)育、疾病發(fā)生等過程的時(shí)空特異性。
時(shí)空轉(zhuǎn)錄組
時(shí)空多組學(xué)
STOmics? Stereo-seq 透化試劑套裝
STOmics?Stereo-seq 透化試劑套裝是用于摸索組織切片最佳透化時(shí)間的預(yù)實(shí)驗(yàn)試劑套裝。Stereo-seq芯片P（透化測試芯片）上載有核苷酸捕獲探針，與組織切片結(jié)合后通過探針原位抓取組織內(nèi)的mRNA分子，再利用帶有熒光標(biāo)記的核苷酸進(jìn)行cDNA合成。研究人員通過熒光顯微成像可以快速判斷特定組織的最佳透化時(shí)間（詳細(xì)產(chǎn)品信息請查看附錄1）。選擇最佳的透化條件，更利于mRNA捕獲，在組織移除干凈且保持相同成像條件（包括亮度和曝光等條件）的情況下，以組織形態(tài)完整，熒光值最強(qiáng)且無彌散為最佳透化時(shí)間的判斷標(biāo)準(zhǔn)。透化3min時(shí)，組織呈現(xiàn)同一皮層亮度不均勻的情況，說明透化不充分；透化12min時(shí)，細(xì)節(jié)清晰，信號均勻，亮度最大；透化24min時(shí)的信號弱于透化12min的信號；因此，最佳的透化時(shí)間是12min。
STOmics? Stereo-seq 轉(zhuǎn)錄組試劑套裝
STOmics? Stereo-seq 轉(zhuǎn)錄組試劑套裝是用于構(gòu)建組織切片全轉(zhuǎn)錄本 3'端文庫的試劑套裝。Stereo-seq 芯片 T（時(shí)空 poly-T 芯片）上載有具有空間坐標(biāo)信息的捕獲探針，與組織切片結(jié)合后通過探針原位抓取組織內(nèi)的mRNA分子并進(jìn)行cDNA合成。研究人員通過DNBSEQ測序和STOmics?配套的可視化分析工具，可獲取特定樣本超高分辨率下的空間轉(zhuǎn)錄組信息。
配合使用Stereo-seq 建庫試劑盒，可獲得Stereo-seq 測序文庫。高效的生化實(shí)驗(yàn)流程，強(qiáng)大的可視化分析工具，造就了超高分辨率的時(shí)空組學(xué)。
通過將多重免疫熒光（mIF）染色方法融入標(biāo)準(zhǔn) Stereo-seq 轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)流程中，Stereo-seq 技術(shù)可對同一組織切片的RNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行共檢測，并在單細(xì)胞分辨率水平下實(shí)現(xiàn)多重蛋白的空間可視化。在不影響mRNA捕獲的前提下，基于蛋白組圖像和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析，研究人員可更深入地評估樣本價(jià)值，解析復(fù)雜的病理和生理過程。
技術(shù)流程——超高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組與蛋白組共檢測
生信分析工具
Stereo-seq時(shí)空組學(xué)技術(shù)為用戶提供多種數(shù)據(jù)分析解決方案，除云端STOmics Cloud方案可通過用戶回傳測序數(shù)據(jù)及圖像文件，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)云端分析及可視化展示之外，線下ImageStudio+SAW+StereoMap組合方案亦可對芯片進(jìn)行圖像處理、數(shù)據(jù)分析、可視化展示及結(jié)果調(diào)整等操作。
